Un ratón viejo que solía ser del grupo de viejos que a lo largo de la serie se ve. Hizo su regreso a la Serie A el 6 de octubre, en el empate 1:1 ante el Palermo, ingresando al minuto 69 en sustitución de Ciro Immobile. En la temporada 2009-10 y gracias a que su club finalizó en la cuarta posición en la Serie A, disputaron la Liga de Campeones de la UEFA desde la ronda de play-offs contra el Sporting de Lisboa. En agosto de 2012 fue cedido en préstamo con opción de compra al Genoa C. F. C. Con el conjunto genovés debutó el 2 de septiembre en la derrota de su club por 3:2 ante el Calcio Catania. El mensaje de la campaña de Save Our Children tuvo su influencia y el resultado fue una aplastante derrota para los activistas gais. Reapareció el 11 de noviembre en la derrota por 3:1 en el derbi de Génova ante la Sampdoria. En su primera temporada en España disputó un total de veinte encuentros en el campeonato nacional y marcó dos goles (empate a 2 ante el Deportivo de La Coruña y victoria 3-0 sobre el Espanyol).
↑ «Javier Tebas, vicepresidente de la LFP: «Sabemos que en España se están amañando partidos»». Al igual que el año anterior, los tres primeros clasificados jugarían la Copa del Presidente de la República. Tras el receso debido al Mundial de Sudáfrica, la irregularidad fue la constante en el equipo, lo que derivó en el despido del entrenador Hernández, y la llegada de Marco Antonio Figueroa. 200 de Juan Manuel desde que llegó a Italia. Juan Manuel fue titular en los seis partidos que disputó su selección. En el segundo encuentro inició como titular en la victoria por 1:0 sobre México. Su primer gol lo anotó el 12 de septiembre de 2007 en un encuentro amistoso contra el seleccionado de Bolivia disputado en el Estadio Monumental de Lima. En septiembre de 2008 se presentó la segunda ampliación del Aeropuerto de Manises, que se encuentra a 8 km de la ciudad de Valencia y está comunicado por autobús, taxi y metro. Finalmente se optó por poner O’Higgins al club de la ciudad.
El 31 de agosto de 2016 se desvinculó del club tras no estar en los planes del técnico uruguayo Gustavo Poyet. El 12 de agosto de 2015 Vargas firmó un contrato por dos temporadas con el Real Betis, recién ascendido a la Primera División de España, después de expirar su contrato con la Fiorentina. En esta fase la Fiorentina enfrentó al Bayern de Múnich quedando eliminada de la competencia por la regla del gol de visitante (El Bayern anotó dos goles en el Estadio Artemio Franchi). Finalmente la Fiorentina culminó novena en la tabla, equipacion seleccion española volviendo a no clasificar a una competencia internacional. En el encuentro por el tercer lugar el conjunto peruano enfrentó a Paraguay y el partido terminó con una victoria por 2:0, con este resultado Perú ocupó nuevamente el tercer lugar de la competición. En el encuentro de vuelta anotó un gol luego de un rebote dado por el guardameta alemán Hans-Jörg Butt.
El encuentro de vuelta se jugó el 11 de febrero en el Sardinero, con resultado de 3-2. Aunque el resultado de la ida había sido más que contundente, los cántabros no perdían la esperanza de una remontada heroica. En el encuentro de vuelta la Fiore clasificó agonicamente a la fase de grupos al empatar 1:1 en Florencia con Vargas en la cancha. En la jornada quince convirtió el primer gol de su equipo frente al Atalanta B. C., encuentro que culminó 2:0 luego de que Alberto Gilardino anotáse en el minuto 89 el gol definitivo. Su último gol en la temporada fue el que abrió el marcador contra el Brescia Calcio, gol que coincidió con el encuentro número 100 de Vargas con la camiseta violeta. En la competencia Vargas disputó tres encuentros en los que no anotó goles. Gracias a esta victoria el cuadro viola terminó con una racha negativa de seis encuentros sin conocer la victoria. Vargas presente en diecinueve encuentros. En aquella instancia, Vargas anotó un gol en los seis partidos que disputó, este en un juego contra el Olympique de Lyon que terminó 1:0, definiendo la clasificación de su equipo a los octavos de final.
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