Tras la Guerra el equipo alternaría la Segunda y la Tercera División, hasta que en 1959 el equipo desciende definitivamente a Tercera, categoría de la cual no salió hasta 1977. Durante esta época el club vive la creación del CD Gerona, posterior filial del Gerona FC. Geográficamente, mantiene también rivalidad con el Club Deportivo Castellón. En el Mundial 2010 (que representó otro triunfo para España), camiseta de boca solo Capdevila mantuvo su lugar en el escuadrón de dos años antes.
