En 1944, luego de una primera experiencia en 1937, se incorporó definitivamente a los torneos de la Asociación Central de Fútbol (Asociación Nacional de Fútbol Profesional desde 1987), donde es el tercer equipo con más títulos de Primera División fuera de la ciudad de Santiago con tres conquistas, solo superado por Everton con 4 títulos y Cobreloa con 8. En el año 2008 la sección de fútbol profesional se desligó de la Corporación Santiago Wanderers, replicas camisetas futbol pasando a ser gestionada como sociedad anónima deportiva bajo el nombre de Club de Deportes Santiago Wanderers S.A.D.P.
