En la temporada 2009/10 se proclama sexto en la 1.ªDivisión tras sumar 58 puntos y con ella clasificarse para la Europa League (Antigua UEFA) tras ganar al Club Atlético de Madrid 1-3 en el Vicente Calderón y así consumar una magnífica temporada bajo las órdenes de Míchel. Las expectativas antes del torneo fueron bajas con los recuerdos de una amarga experiencia del Mundial 1994 todavía en la mente de muchos, donde Grecia perdió los tres partidos de la fase de grupos, concediendo diez goles y no anotando ninguno.