Desde la temporada 2001-02 hasta la del ascenso fue un constante mosqueo entre herculanos y alicantinistas. La segunda temporada quedó marcada por dos historias que no vaticinaban nada positivo para el Hércules: el sufrimiento para salvar la existencia del club una noche de julio de 2000 y el ascenso del Alicante CF al final de dicha temporada. El 18 de septiembre de 2018, el Decano se convirtió en el primer equipo indirectamente afiliado a la AFA en jugar los cuartos de final de la Conmebol Libertadores, camiseta portugal hecho que se dio el 28 de agosto cuando logró pasar a dicha instancia.
